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教程(三)利用大小基組方法加速過渡態(tài)尋找
(一)引言:
? 在過渡態(tài)結(jié)構(gòu)優(yōu)化時,如果體系比較大,在大基組情況下則需要消耗較多的計算資源及時間,特別是某些過渡態(tài)用opt=(calcfc,ts, noeigentest)或opt=(calcfc,qst2, noeigentest)方法很難找到的情況下,如何尋找過渡態(tài)以及如何有效加速過渡態(tài)尋找是研究者經(jīng)常遇到的問題。本文以1,2-丙二醇體系脫水形成環(huán)氧丙烷反應(yīng)為例,提供一種有效、可行的過渡態(tài)尋找方法。
(二)計算過程:
1. 小基組優(yōu)化
█ 軟件版本Gaussian 16, GaussView 6
█ 本文使用方法為B3LYP/3-21G(小基組),B3LYP/6-311+G(d,p)(大基組)
█ Calcall參數(shù)保證每一步力常數(shù)都是準確的,maxstep=10表示讓結(jié)構(gòu)緩慢弛豫。
█ 此處假設(shè)讀者已經(jīng)具備基本的過渡態(tài)尋找技能。
小基組輸入文件
█ 過渡態(tài)初始結(jié)構(gòu)如圖所示:
█ 優(yōu)化過程中使用Gaussview密切關(guān)注結(jié)構(gòu)的變化,如果偏離過渡態(tài)結(jié)構(gòu),則需要重新猜測可能的過渡態(tài)結(jié)構(gòu)。
█ 得到小基組下過渡態(tài)結(jié)構(gòu)及虛頻的振動方向為:
2. 大基組優(yōu)化
█ 在小基組得到的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)上,此時要修改輸入文件。如圖:
█ 從而得到大基組下過渡態(tài)最終結(jié)構(gòu)為(GaussView 6能夠顯示鍵長):
(三)知識背景:
? 對于同一種泛函來說,不同基組之間的勢能面雖然不同,但較為近似。所以可以利用小基組結(jié)合opt=calcall選項先得到一個合理的“初始猜測”構(gòu)型,然后再換成大基組優(yōu)化,這樣可以尋找到一些非常難的過渡態(tài)結(jié)構(gòu)以及有效加速過渡態(tài)尋找過程。
? DFT計算時間與基函數(shù)的大小成N4關(guān)系,因此先使用小基組能有效減少優(yōu)化時間。
? 過渡態(tài)尋找時,此方法較為有效,穩(wěn)態(tài)體系效果不太明顯。
? 注意多分子體系(如氫鍵體系)此方法可能不適用,因為勢能面的微小區(qū)別會導(dǎo)致弱相互作用體系不容易收斂,因此小基組得到的結(jié)構(gòu)作為大基組的初始構(gòu)型并不會減少總計算時間。
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