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- 教程(十七)Gaussian計(jì)算服務(wù)器的配置
- 教程(十六)AMPAC專業(yè)級(jí)半經(jīng)驗(yàn)量子力學(xué)模塊安裝
教程(十七)Gaussian計(jì)算服務(wù)器的配置
? 我們剛開(kāi)始使用Gaussian軟件進(jìn)行量子化學(xué)計(jì)算時(shí),首先碰到的問(wèn)題就是:如何配置服務(wù)器。本文將以通俗易懂的語(yǔ)言介紹如何合理的配置服務(wù)器。
? 首先我們將幾個(gè)經(jīng)常被問(wèn)到的問(wèn)題進(jìn)行回復(fù):
1. 我們是研究XX領(lǐng)域的,請(qǐng)問(wèn)在配置服務(wù)器的時(shí)候有什么特殊要求嗎?
2. 請(qǐng)問(wèn)我要做XX方面的計(jì)算,應(yīng)該配多少核的CPU以及多少內(nèi)存?
回答: 一般情況下(假定做密度泛函計(jì)算),服務(wù)器配置與你所研究的領(lǐng)域、所要計(jì)算的問(wèn)題沒(méi)有必然聯(lián)系。Gaussian是一款量子力學(xué)的程序,只要你的研究領(lǐng)域?qū)儆谠映叨燃耙陨?,服?wù)器的配置通常只與你研究的體系大小有關(guān)(簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)就是你體系中原子數(shù)目的多少)。對(duì)于同一個(gè)服務(wù)器配置,你研究的體系越小,計(jì)算時(shí)間越快;體系越大,計(jì)算時(shí)間越長(zhǎng)。并且,計(jì)算時(shí)間與體系的大小成指數(shù)級(jí)增長(zhǎng)關(guān)系,而不是線性關(guān)系。所以,不存在應(yīng)該配多少核的CPU及多少內(nèi)存的這個(gè)問(wèn)題。唯一存在的問(wèn)題是:你打算用多少經(jīng)費(fèi)用于配置服務(wù)器。服務(wù)器越多、配置越高,計(jì)算時(shí)間就越短。
? 服務(wù)器配置
CPU: 對(duì)于量子化學(xué)計(jì)算來(lái)說(shuō),CPU選用Intel的會(huì)更加省心,許多量子化學(xué)程序?qū)ntel CPU的兼容都是最完美的,而且Intel有自帶的編譯器和數(shù)學(xué)庫(kù),其編譯器還有專門(mén)為Intel的CPU優(yōu)化的選項(xiàng)。另外,推薦購(gòu)買(mǎi)至強(qiáng)(Xeon)系列,此系列CPU是專門(mén)為高性能計(jì)算設(shè)計(jì)的。至強(qiáng)系列和酷睿系列的CPU區(qū)別就是市場(chǎng)定位不一樣,至強(qiáng)系列是服務(wù)器CPU,比酷睿系列擁有更為豐富的指令集,更為出色的性能和支持更多的并發(fā)連接數(shù),特別是在需要多線程運(yùn)行的場(chǎng)景中優(yōu)勢(shì)相比酷睿系列是很明顯的。
GPU: Gaussian 16版本開(kāi)始支持GPU計(jì)算,目前支持的GPU型號(hào)有V100 (Volta),P100 (Pascal), NVIDIA K40及K80 GPUs。如果你的經(jīng)費(fèi)充足,并且有其它軟件需要用GPU計(jì)算,可以考慮配置GPU。
內(nèi)存: 內(nèi)存的大小建議與服務(wù)器總核數(shù)相關(guān)(物理核數(shù),而不是線程數(shù))。一般一個(gè)核心配置至少2GB內(nèi)存。例如,如果CPU的總核數(shù)為16,則建議配置32GB以上內(nèi)存。
Gaussian會(huì)根據(jù)CPU核數(shù)和內(nèi)存的配置來(lái)自動(dòng)選擇是CPU優(yōu)先還是內(nèi)存優(yōu)先的算法。
所以經(jīng)費(fèi)允許情況下,CPU核數(shù)和內(nèi)存盡量配置高一點(diǎn)。
硬盤(pán): 一般情況下(假定做密度泛函計(jì)算),對(duì)于硬盤(pán)的大小和存儲(chǔ)速度沒(méi)有特殊要求。如果你需要做post-HF計(jì)算,則建議使用存儲(chǔ)速度較快的固態(tài)硬盤(pán)并且硬盤(pán)空間需要足夠大。
其它問(wèn)題:如需進(jìn)一步了解,可以聯(lián)系我們。
Tel:021-66823328;
QQ:2196089718
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