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教程(二十一)幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化中如何固定部分原子
發(fā)布時間:2020-04-09
關(guān)鍵詞:幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化 如何固定部分原子
(一)引言:
? 在幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化時,我們有時需要固定某些原子以達到研究的某種目的。比如,研究表面化學問題時,常常固定材料基底;使用ONIOM模型時,也會將低層的原子坐標進行固定,等等。本文將介紹如何固定原子坐標。
(二)設置過程:
1. 方法一:笛卡爾坐標前加入“-1”標志
█ 軟件版本Gaussian 16, GaussView 6。
█ 以甲烷分子為例,首先繪制一個甲烷分子。然后保存為輸入文件,然后使用寫字板(或者其它文本編輯器)打開輸入文件,顯示如下:
█ 如果需要固定某個原子,則在笛卡爾坐標前加入“-1”標志即可。比如,本例假設需要固定的原子為1號C和2號H,則輸入文件格式如下圖所示:
2. 方法二:使用Opt=ReadOpt關(guān)鍵詞指定
█ 此關(guān)鍵詞意思是讀入需要優(yōu)化的原子,默認是全部優(yōu)化的。如果需要固定某些原子,則使用NotAtoms參數(shù)來指定。例如上例需要固定1號C和2號H,則輸入文件為:
█ 用opt=readopt來設置往往比方法一的做法方便得多。關(guān)于此關(guān)鍵詞更多的用法,可以參考Gaussian官網(wǎng)相關(guān)內(nèi)容:http://gaussian.com/opt/
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