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教程(二十)GaussView使用技巧-如何保存動態(tài)結(jié)構(gòu)圖
(一)引言:
? 在論文寫作或者教學(xué)過程當中,我們常常想要制作動態(tài)結(jié)構(gòu)圖用于闡明化學(xué)變化過程。例如,搜索過渡態(tài)時需使用內(nèi)稟反應(yīng)坐標(IRC)來確認過渡態(tài)的結(jié)構(gòu)是否連接反應(yīng)物和產(chǎn)物。此時,如果能將IRC中每一個結(jié)構(gòu)保存為動態(tài)結(jié)構(gòu)圖,將可以比較全面的展示過渡態(tài)的結(jié)構(gòu)變化。另外,在進行結(jié)構(gòu)優(yōu)化或者勢能面掃描(Scan)時,我們也可以通過保存動態(tài)結(jié)構(gòu)圖來觀察分子結(jié)構(gòu)的變化過程。最后,在進行紅外和拉曼光譜模擬時,如果我們需要保存某個頻率所對應(yīng)的振動模式,也可以將其保存為動態(tài)圖。本文將以教程五中的過渡態(tài)結(jié)構(gòu)以及教程十九中的IRC計算為例,介紹?何保存動態(tài)結(jié)構(gòu)圖。
(二)作圖過程:
1. 將結(jié)構(gòu)優(yōu)化過程保存為動態(tài)圖(gif文件)
█ 打開教程五中的過渡態(tài)結(jié)構(gòu)所對應(yīng)的log文件,如下圖:
█ 軟件版本Gaussian 16, GaussView 6
█ 我們可以看到,這個過渡態(tài)的搜索過程經(jīng)歷了5步優(yōu)化。
█ 注意在打開log文件時一定要勾選以下選項:
█ 然后在結(jié)構(gòu)圖上點擊鼠標右鍵File → Save Movies → Save Movie File,則會彈出保存動態(tài)圖gif的界面:
█ 最終得到的動態(tài)圖效果如下:
2. 將內(nèi)稟反應(yīng)坐標計算結(jié)構(gòu)保存為動態(tài)圖(gif文件)
█ 打開教程十九中的IRC計算log文件,如下圖所示:
█ 跟上面一樣,然后在結(jié)構(gòu)圖上點擊鼠標右鍵File → Save Movies → Save Movie File,則會彈出保存動態(tài)圖gif的界面:
█ 最終得到的動態(tài)圖效果如下(同教程十九中的gif圖):
3. 將頻率計算振動模式保存為動態(tài)圖(gif文件)
█ 因為搜索過渡態(tài)時我們同時也計算了頻率(freq關(guān)鍵詞),所以我們還是打開教程五中的過渡態(tài)結(jié)構(gòu)所對應(yīng)的log文件
█ 然后點擊GaussView面板上的Results → Vibrations,然后選擇你想要保存的振動模,本例中選擇虛頻為例(圖中的第一個頻率)。然后點擊Save Movies → Save Movie File,則會彈出保存動態(tài)圖gif的界面:
█ 最終得到的動態(tài)圖效果如下:
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