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教程(一)弱相互作用能計(jì)算中基組重疊誤差(BSSE)的校正
(一)引言:
在計(jì)算弱相互作用體系時(shí),論文中一般要求加入BSSE校正,本文將以H2O和NH3分子為例介紹如何計(jì)算BSSE校正能量。
(二)計(jì)算過程:
1. 復(fù)合物結(jié)構(gòu)優(yōu)化和頻率分析
█軟件:Gaussian 16, GaussView 6
█本文使用方法為M06-2X/6-311+G(d,p) 基組,并加入色散校正項(xiàng)。
█優(yōu)化結(jié)束后,進(jìn)行頻率分析,保證沒有虛頻,并獲取熱力學(xué)數(shù)據(jù),此處選取焓值
GaussView設(shè)置
優(yōu)化結(jié)果

頻率分析

熱力學(xué)數(shù)據(jù)-焓值
█此處得到復(fù)合物能量為Hcom=-132.912599 au.
2. 單體結(jié)構(gòu)優(yōu)化和頻率分析
█分別優(yōu)化H2O和NH3的結(jié)構(gòu),進(jìn)行頻率分析,并獲取熱力學(xué)數(shù)據(jù)(焓值)
█得到H2O和NH3的焓值HH2O= -76.395441 au, HNH3= -56.507423au
3. BSSE 分子碎片設(shè)置
█打開已經(jīng)優(yōu)化好的符合物結(jié)構(gòu)(log文件)
█使用GaussView 6 中的Atom Groups功能將復(fù)合物分成兩個(gè)碎片(Fragments)
█根據(jù)原子編號(hào),可以將復(fù)合物中的分子歸類為不同分子碎片,從而顯示出不同顏色
定義復(fù)合物分子碎片
4. BSSE計(jì)算
█保存好分子碎片之后,再打開Calculate面板,選中Use Counterpoise.
█此時(shí)Job Type 選為Energy (此時(shí)不需要進(jìn)行優(yōu)化和頻率計(jì)算)
BSSE 計(jì)算設(shè)置
█計(jì)算完成后打開log文件,在log文件最后可獲得BSSE校正能
BSSE 校正值
5. 相互作用能計(jì)算及BSSE校正
█Hint = Hcom - (HH2O + HNH3) + EBSSE=-0.008434862 au = 5.29 kcal/mol
█值得注意的是BSSE計(jì)算后得到的結(jié)果中單獨(dú)列出了校正后的相互作用能(如上圖中的-7.22 kcal/mol)。此結(jié)果為電子能量(E0)得到的結(jié)果,沒有進(jìn)行熱力學(xué)的校正。此外本文中的相互作用能為無窮遠(yuǎn)處的兩個(gè)分子為起點(diǎn)計(jì)算的,因此只取BSSE energy項(xiàng)進(jìn)行校正。
(三)知識(shí)背景:
1. 計(jì)算A、B分子間的弱相互作用能時(shí),一般不能簡(jiǎn)單地通過E_interaction = E_AB - E(A) - E(B)來計(jì)算。
因?yàn)镋_AB能量相對(duì)于E(A) + E(B)的降低來自兩方面,一方面是真實(shí)的A、B分子間的相互作用能;另一方面來自于A、B分子的基函數(shù)在復(fù)合物體系中相互重疊,相當(dāng)于增大了復(fù)合物的基組而使E(AB)能量降低,所以要去掉,它稱為基組重疊誤差(Basis Set Superposition Error, BSSE)。所以雙分子的相互作用能應(yīng)該表述為E_interaction = E_AB - E(A) - E(B) + E_BSSE。對(duì)于弱相互作用,E_BSSE所占E_interaction的比例往往不小,甚至超過它,如果不進(jìn)行校正,可能正負(fù)號(hào)都不對(duì)。
2.一般來說,只有計(jì)算弱相互作用才需要考慮BSSE問題。BSSE問題會(huì)影響勢(shì)能面,因此,BSSE效應(yīng)不僅影響相互作用能,也會(huì)影響幾何優(yōu)化、振動(dòng)分析等任務(wù)的結(jié)果,只不過BSSE對(duì)相互作用能的影響顯著大于對(duì)其它問題的影響。計(jì)算強(qiáng)相互作用能(如反應(yīng)焓變、自由能變化、化學(xué)鍵鍵能)時(shí)一般不需要考慮BSSE問題。
3. 計(jì)算E_BSSE有多種方法,Gaussian程序中使用的是目前使用最廣泛的Boys和Bernardi發(fā)展的counterpoise方法。
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